texmf.cnf をエディタで開き
shell_escape_commands = \
bibtex,dvips,dvips,epstopdf,epspdf,etex,gnuplot,kpsewhich,\
latex,luatex,lualatex,makeindex,mpost,metafun,\
pdfcrop,pdflatex,pdfluatex,ps2pdf,pstopdf,pygmentize,\
tex,texexec,texmfstart\
を
shell_escape_commands = \
bibtex,dvips,dvips,epstopdf,epspdf,etex,gnuplot,kpsewhich,\
latex,luatex,lualatex,makeindex,mpost,metafun,\
pdfcrop,pdflatex,pdfluatex,ps2pdf,pstopdf,pygmentize,\
tex,texexec,texmfstart,perl\
に変更し保存する。

これで perl を呼び出すソース hoge に対して
platex -shell-escape hoge
としていたものが
platex hoge
で済む。